沙眼衣原体是一种微生物，目前发现它有15个血清型，不同的血清型能引起不同的疾病。分为3个生物型，即小鼠生物型(biovarmouse)、沙眼生物型(biovartrachoma)和性病淋巴肉芽肿生物型。后二者与人类疾病有关。用间接微量免疫荧光试验，沙眼生物型又分A、B、Ba、C、 D、Da、E、F、G、H、I、Ia、J、K14个血清型。
小鼠、沙眼和性病淋巴肉芽肿。LGV生物型又有L1、L2、L2a、L34个血清型。

主要特性
1. 革兰氏阴性，圆形或椭圆形；
2. 含DNA和RNA以及核糖体；
3. 具有由黏肽组成的细胞壁，其结构和组成类似于G-，但细胞壁酸缺少或只含微量；
4. 有较复杂的、能进行一定代谢活动的酶系统，但 不能合成带高能键的化合物，须利用宿主细胞的三磷酸盐和中间代谢产物作为能量来源，必须在活细胞内生存；
5. 具有独特的发育周期，并以二等分裂方式繁殖，形成包涵体。
6. 对许多抗生素、磺胺药敏感，能抑制生长。
所致疾病：
（一）沙眼：由衣原体沙眼生物变种A、B、Ba、C血清型引起。主要经直接或间接接触传播，即眼～眼或眼～手～眼的途经传播。当沙眼衣原体感染眼结膜上皮细胞后，在其中增殖并在胞浆内形成散在型、帽型、桑椹型或填塞型包涵体。该病发病缓慢，早期出现眼睑结膜急性或亚急性炎症，表现流泪、有粘液脓性分泌物、结膜充血等症状与体征。后期移行为慢性，出现结膜瘢痕、眼睑内翻、倒睫、角膜血管翳引起的角膜损害，以致影响视力，最后导致失明。据统计沙眼居致盲病因的首位。1956年我国学者汤飞凡等人用鸡胚卵黄囊接种法，在世界上首次成功地分离出沙眼衣原体，从而促进了有关原体的研究。
（二）包涵体包膜炎：由沙眼生物变种D～K血清型引起。包括婴儿及成人两种。前者系婴儿经产道感染，引起急性化脓性结膜炎（包涵体脓漏眼），不侵犯角膜，能自愈。成人感染可因两性接触，经手至眼的的途径或者来自污染的游泳池水，引起滤泡性结膜炎又称游泳池结膜炎。病变类似沙眼，但不出现角膜血管翳，亦无结膜瘢痕形成，一般经数周或数月痊愈，无后遗症。
（三）泌尿生殖道感染：经性接触传播，由沙眼生物变种D～K血清型引起。男性多表现为尿道炎，不经治疗可缓解，但多数转变成慢性，周期性加重，并可合并副睾炎、直肠炎等。女性能引起尿道炎、宫颈炎等，输卵管炎是较严重并发症。该血清型有时也能引起沙眼衣原体性肺炎。
（四）性病淋巴肉芽肿：由沙眼衣原体LGV生物变种引起。LGV要通过两性接触传播，是一种性病。男性侵犯腹股沟淋巴结，引起化脓性淋巴结炎和慢性淋巴肉芽肿。女性可侵犯会阴、肛门、直肠，出现会阴～肛门～直肠组织狭窄。
感染症状
其中A、B、Ba及C型的衣原体株能引起沙眼，L1、L2、L3型能引起性病性淋巴肉芽肿， D-K型则引起非淋菌性尿道炎。沙眼衣原体是引起非淋菌性尿道炎的主要病原体，由前述可知，非淋菌性尿道炎的40%～50%是由沙眼衣原体感染引起的。沙眼衣原体感染目前已是西方国家最常见的性传播疾病之一，发病人数增加很快，已超过淋病。在中国，沙眼衣原体感染的患病人数也在迅速增加。代谢缓慢，以利于衣原体的寄生性生长。 （三）抵抗力
1. 沙眼衣原体对热、脂溶剂和去污剂以及常用的消字号洗液均十分敏感。
2. 对煤酚类化合物及石炭酸等一般较能抵抗。
3. 对PHMB、利福平、四环素、红霉素、磺胺敏感。