在试管整个治疗过程中，真正有创伤性的操作是取卵，但取卵是在全麻下进行的，手术过程不过几分钟而已，所以这不是什么问题。相反的，打针对某些人而言可能是比较痛苦和较难忍受的。所以要做好长期打针的心理准备，假使用常规长方案的话，从降调开始，一直到怀孕后保胎，打针的时间接近2－3个月，这相对是有点痛苦的，但比起不孕不育治疗几年漫长的煎熬还是轻松很多。

另外，大剂量的促排卵药物对于卵巢肿瘤和乳腺肿瘤的关系并没明确相关关系的报道，但尽管如此，随着生殖技术的发展和观念的更新，现在所用的促排剂量已有所减少，卵泡也不是促的越多越好，新的方案如微刺激和自然周期方案也开始用的比较多了，特别是对于年龄偏大的患者。

许多人都知道女性一个月只排一次卵泡，一次人工受精或试管婴儿排了十多颗卵。有些人可能就会担心这是不是会造成自己卵巢很快就衰竭闭经了呢？事实上，没必要担心，因为那是使用明年一整年的排卵量，对此更年期提早一年。不过，如果明白了卵巢的运作之后，这种推论是错误的。

实际上卵巢在青春期时约有四十万个卵子，在往后的三、四十年间以每天30颗，一个月约900颗，一年约一千颗的速度耗损，当卵子存量低于一千颗左右时，便进入更年期，因为人体脑下垂体分泌滋养卵子的FSH仅有一份，只可供应一颗卵子长大成熟，因此每个月仅见到一颗卵子排出来，而打排卵针(含高单位FSH) ，使原本得不到养分的卵子也能长大成熟，因此可以排多一些卵子，这属于资源回收，一点也不会额外耗损卵子存量，而使更年期提早。

这也是许多人顾虑的问题。事实上在自然的月经周期，虽然只有一个成熟的卵泡排卵，但同时有不少个小卵泡因为没有足够量的促卵泡激素跟着一起死亡了，试管就是用外源的促卵泡激素的让那些原本要闭锁的小卵泡一起长起来，所以理论上不影响整个卵巢的储备卵泡数。全球试管婴儿已成为有500万，最早的一批女性已结婚，自然怀孕生子，所以没有什么可担心的。